Claire Redfieldová je s Moirou - dcerou Barryho Burtona z prvního dílu - spolu s dalšími členy organizace Terra Save (Záchrana Země) unesena ozbrojenou jednotkou přímo z firemního večírku. Probouzejí se na děsivém
opuštěném ostrově neznámo kde. Zjišťují však, že jejich životy zde ovládá jediná osoba - záhadný "Overseer" (dozorce).
Několik měsíců poté začíná druhá část hry, kde je hlavním hrdinou samotný Barry, pátrající po Moiře, a záhadná malá dívka jménem Natalia, kterou Barry na ostrově objeví.
Základem příběhu je strach, napětí a spiknutí.